பின்பு கைது செய்யப்பட்டு 3 மாத சிறைவாசத்துக்கு பின்பு ஜாமீனில் வந்தவரை, தற்போது விரிவுபடுத்தப்பட்ட அமைச்சரவையில் திட்டமிடல் மற்றும் புள்ளியியல் துறை அமைச்சராக்கினார் முதல்வர் டி.கே.சிவகுமார்.
தலைமைக்கு பெரிய அளவில் கவனித்தவர்களூக்கு அமைச்சரவையில் வாய்ப்பு கொடுக்கப்பட்டுள்ளது, அதிலும் ஊழல் வழக்கு நிலுவையில் உள்ள நாகேந்திராவுக்கு மீண்டும் அமைச்சர் பதவியா? என்று கட்சிக்குள் கலகம் வெடித்தது.
எதிர்க்கட்சியான பா.ஜ.க நாகேந்திராவை அமைச்சரவையிலிருந்து நீக்காவிட்டால் மாநிலம் தழுவிய போராட்டம் நடத்துவோம் என்றும் அறிவித்தது.
இதை முதல்வர் டி.கே.சிவகுமாரும், அமைச்சர் நாகேந்திராவும் கண்டுகொள்ளாமல் இருந்த நிலையில்தான், இந்த விவகாரம் மக்கள் மத்தியில் காங்கிரஸ் கட்சிக்கு மோசமான இமேஜை ஏற்படுத்தி வருவதாக டெல்லி தலைமைக்கு தகவல் சென்றது. நீண்ட ஆலோசனைக்குப்பின் நாகேந்திரா ராஜினாம செய்ய வலியுறுத்தப்பட்டார். முதலில் மறுத்த நாகேந்திரா பின்பு சம்மதித்த நிலையில் நேற்று ராஜினாமா செய்துள்ளார்.
பின்பு செய்தியாளர்களிடம் பேசிய நாகேந்திரா, “கட்சிக்குத் தேவையில்லாத சங்கடங்கள் உருவாகக் கூடாது என்றுதான் நானே விருப்பப்பட்டு ராஜினாமா செய்கிறேன். பழஙகுடியினத்தைச் சேர்ந்த நான் அரசியலில் உயர்வதை விரும்பாத சிலர் என்னை குறி வைத்துள்ளனர். வால்மீகி பழங்குடியினர் மேமாட்டு வாரியத்தில் நடந்ததாக சொல்லப்படும் முறைகேட்டுக்கும் எனக்கும் எந்த தொடர்புமில்லை. வங்கிகள் சம்பந்தப்பட்ட பரிவர்த்தனைக்கு நான் எப்படி பொறுப்பாவேன். தலித் சமூகத்தைச் சேர்ந்தவன் என்பதாலேயே என் மீது பழி போடப்படுகிறது” என்று அழுதபடியே பேசினார்.
