ஆனால், சிஸ்டர் அபயாவின் செருப்பு, பாட்டில் போன்ற தடயங்களை அழிக்காமல் விட்டுவிட்டதால் இது கொலை என தெரியவந்தது. அதிலும் பாதிரியார் கான்வென்டுக்குள் சென்றதை திருடன் அடைக்கா ராஜூ பார்த்ததால் அவர் நேரில் கண்ட சாட்சியாக வாக்குமூலம் அளித்தார். இந்த வழக்கை விசாரித்த திருவனந்தபுரம் சி.பி.ஐ சிறப்பு நீதிமன்றம் கடந்த ஆண்டு டிசம்பர் மாதம் 23-ம் தேதி பாதிரியார் தாமஸ் எம்.கோட்டூருக்கு இரட்டை ஆயுள் தண்டனையும், 7 லட்சம் ரூபாய் அபராதமும், கன்னியாஸ்திரி செஃபி-க்கு ஆயுள் தண்டனையும், 5 லட்சம் ரூபாய் அபராதமும் விதித்து தீர்ப்பு வழங்கியது. இருவரும் சிறையில் அடைக்கப்பட்டனர்.

இந்த நிலையில் தண்டனையை எதிர்த்து பாதிரியார் தாமஸ் எம்.கோட்டூரும், கன்னியாஸ்திரீ செஃபி-யும் ஐகோர்டில் மேல் முறையீடு செய்திருந்தனர். மேல் முறையீட்டு மனுவை கோர்ட் விசாரணைக்கு எடுத்துக்கொண்டது. எனவே, மேல் முறையீட்டு மனு விசாரணை முடியும் வரை ஜாமீன் அளிக்க வேண்டும் என ஐகோர்ட்டில் மற்றொரு மனு தாக்கல் செய்தனர்.

அந்த மனுவை நேற்று விசாரித்த நீதிபதிகள் கே.வினோத் சந்திரன், ஜெயச்சந்திரன் ஆகியோர் அடங்கிய பெஞ்ச் பாதிரியார் தாமஸ் எம்.கோட்டூர், கன்னியாஸ்திரீ செஃபி ஆகியோர் 5 லட்சம் ரூபாய் கோர்டுக்கு முன்பணமாக செலுத்த வேண்டும், கேரளா மாநிலத்தை விட்டு வெளியே செல்லக்கூடாது, ஜாமீன் காலத்தில் வேறு குற்றச்செயல்களில் ஈடுபடக்கூடாது என்பது போன்ற நிபந்தனைகளுடன் ஜாமீன் வழங்கியது. மேலும் தண்டனை தற்காலிகமாக நிறுத்தி வைப்பதாகவும் தீர்ப்பில் கூறப்பட்டுள்ளது.